Наиболее древняя находка ископаемых лучепёрых рыб имеет возраст 420 млн лет (конец Силурийского периода ). Это хищная рыба Andreolepis hedei из отряда палеонискообразных (Palaeonisciformes). Останки этого вида были найдены в России , Швеции и Эстонии [7] .
В пермском и триасовом периодах были широко распространены лучепёрые рыбы, обладавшие ганоидной чешуёй . На смену им около 200 млн лет назад появились костистые рыбы [4] , к которым в настоящий момент относят подавляющее большинство (95 %) современных рыб [6] . В ходе длительной эволюции , сопровождавшейся широкой адаптивной радиацией , возникло большое разнообразие лучепёрых рыб [5] .